同一ホームページ内にアクセスカウンターを複数設置することは可能ですか？また、特定のページにアクセスカウンターを別途に追加できますか？

可能です。
手順としてはアクセスカウンタを設置する際「FTPのID」を設定するようになっていますが、この「FTPのID」に枝番等を付けて下さい。
　例）　***高等学校の場合
　　　　FTPのID　：　***01　→　***0101、***0102

このFAQが掲載されているサイト名: 香川県情報教育支援サービス : https://www.kagawa-edu.jp/faq/modules/smartfaq/faq.php?faqid=191