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専攻科には、漁業科と機関科の２科があり、船長や機関長などの船舶の幹部職員の養成を目指します。２年間の過程で、１年３ヶ月の乗船実習と三級海技士免許取得のための学習を行います。修了後には、水産・商船系大学と同じように三級海技士の受験に必要な乗船履歴が得られます。
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| 揚縄作業 | プロペラ分解作業 | 錨鎖点検作業 |
| 三級海技士（航海・機関） | 第一級海上特殊無線技士 |
| ジャンボフェリー | 安芸海運 | 阪九フェリー | フェリーさんふらわあ |
| 宮崎カーフェリー | 名門大洋フェリー | 川近シップ マネージメント | 水産庁 |
| 香川県（香川丸船員） | 航海訓練所 |
